Если у вас есть файлик lua/autorun/server/workshop.lua с кучей строк, значит вы дед 
Вместо ручного добавления аддонов в такой файл можно добавить на сервер скрипт, который самостоятельно с воркшоп коллекции сервера будет отправлять игроку аддоны на загрузку. Удалили аддон с коллекции – он перестал загружаться у игроков. И не нужно больше вручную редактировать файл
Автоматизация
Создайте файл addons/anyname/lua/autorun/server/autoworkshop.lua и добавьте в него код из ссылки: wsdl/lua/autorun/server/wsdl.lua at master · glua/wsdl · GitHub
После этого ваш старый файл с workshop.lua нужно удалить
Если у вас еще нет коллекции сервера, то ее нужно создать и подключить к серверу через +host_workshop_collection WORKSHOPID
Бонус для тех, у кого VDS сервер: Garry's Mod - Ускоряем загрузку сервера | Блог _AMD_